José Miguel de Barandiaran nació en 1889 en la localidad guipuzcoana de Ataun. En 1904 ingresó en la preceptoría de Baliarrain (G) para iniciar sus estudios de latín y humanidades. De 1906 a 1912 realizó los estudios de Filosofía y Teología en el Seminario Conciliar de Vitoria. Se interesó por la geología, la física y las matemáticas y cultivó por su cuenta el francés, el alemán y el inglés. Antes de acceder a las Órdenes Sagradas estudió por libre Magisterio y obtuvo el título de maestro en la Escuela Normal de Vitoria.
Durante sus estudios teológicos sufrió una crisis intelectual y comenzó sus lecturas acerca de los orígenes de la religión y de la historia de las religiones. En 1913 acudió a la Universidad de Leipzig (Alemania) para seguir un curso impartido por Wilhem Wundt. Las orientaciones allí recibidas y la posterior relación con este profesor dirigieron sus investigaciones antropológicas y etnográficas hacia su entorno cultural y supusieron el alejamiento de la ciencia puramente libresca. En 1914 fue ordenado sacerdote en Vitoria. En 1915 fue enviado a la Universidad Eclesiástica de Burgos donde obtuvo la licenciatura en Teología. En 1916 se incorporó como profesor de ciencias en el Seminario de Vitoria, donde permaneció hasta 1936. Las leyendas populares que recogió en Ataun sobre “gentiles enterrados en Aralar” le llevaron al descubrimiento de una estación dolménica. La publicación de estos hallazgos le permitió establecer una prolongada relación con los profesores Telesforo de Aranzadi y Enrique Eguren. A partir de entonces continuó sus prospecciones arqueológicas combinando este interés por la prehistoria con la recogida de datos etnográficos.
En 1921 comenzó a publicar con periodicidad mensual la revista Eusko-Folklore. Materiales y Cuestionarios, que perduraría hasta 1975. Este mismo año creó la Sociedad de Eusko-Folklore. Los trabajos de campo de sus miembros se publicaron en el Anuario de la Sociedad de Eusko-Folklore, que después pasó a denominarse Anuario de Eusko-Folklore y que perdura hasta la actualidad. En 1928, además de las numerosas publicaciones en las que participaba y dirigía, comenzó a realizar filmaciones con cámara cinematográfica, entre ellas algunas de carácter etnográfico. En 1934, en el volumen XIV del Anuario de Eusko Folklore, publicó el “Cuestionario para una investigación de la vida popular”, que respondía al proyecto de realizar una encuesta etnográfica general en todo el ámbito de Vasconia. En 1936 partió al exilio y continuó con las investigaciones etnográficas y prehistóricas en el País Vasco continental a medida que se iba estableciendo en distintas localidades de este territorio. En 1946 con la creación de Ikuska/Institut Basque de Recherches reanudó las actividades interrumpidas por las guerras civil y mundial, siendo continuación de las dos instituciones creadas por él en Vitoria veinticinco años antes: Sociedad de Eusko Folklore (1921) y Centro de Investigaciones Prehistóricas (1925). Editó también el boletín Ikuska para dar a conocer las investigaciones que se llevaban a cabo en este instituto. En 1949 dentro de este proyecto Ikuska comenzó a publicar “Cuestionario para un estudio etnográfico del pueblo vasco”.
En 1953 regresó del exilio e inauguró en la Universidad de Salamanca la “Cátedra Larramendi” con un curso sobre el estado de los estudios vascos. En 1955, tras veinte años de interrupción, publicó un nuevo número del Anuario de Eusko Folklore. En 1964 se hizo cargo de la asignatura de “Etnología del pueblo vasco” dentro de la Cátedra de Lengua y Cultura vascas que se creó en la Universidad de Navarra. La regentó hasta el curso 1979-80.
En 1968 creó en la Universidad de Navarra el primer grupo Etniker. En 1970 en el volumen XXIII del Anuario de Eusko Folklore ofreció las pautas para el plan de investigación Etniker. En 1971 nació Etniker Álava y en 1972 Etniker Gipuzkoa. En 1973 en la Biblioteca Vasca del Seminario de Derio se estableció el grupo Etniker Bizkaia.
En 1974, a los 84 años, realizó sus últimas excavaciones arqueológicas en Axlor. En el volumen XXV del Anuario de Eusko-Foklore se publicó la primera parte del cuestionario etnográfico con vistas a una encuesta sistemática. Aparecieron en esta publicación los primeros trabajos llevados a cabo por miembros de Etniker. En 1975 terminó la redacción del cuestionario etnográfico general iniciado en 1968.
En 1987 los Grupos Etniker acordaron la elaboración del Atlas Etnográfico de Vasconia. En 1990 escribió el prólogo al primer volumen sobre la Alimentación doméstica dentro de este proyecto del Atlas, diseñado y dirigido por él. Fue su último escrito. Falleció en Ataun en 1991.